在脱烈哥那摄政的日子里，朝廷内部的官员大多数是那些不经学问的人。法提玛原本是个波斯人，被俘后却没有过上正规生活，只是在脱烈哥那身边常见面。他曾和脱烈哥那一起策划逮捕了中书右丞相镇海和燕京行台断事官牙老瓦赤。镇海和牙老瓦赤得知后逃到了阔端斡尔朵寻求庇护，而中书令耶律楚材则因怨愤而去世。大商人奥都剌合蛮被派往中原接替牙老瓦赤的职位。
脱烈哥那的摄政导致成吉思汗《札撒》被废弃，使得法度变得一片混乱。各诸王都开始四处派遣使臣，滥发诏旨牌符；他们结党营私，一切自为主张（志费尼《世界征服者史》），蒙古帝国濒临崩溃。这场权力斗争直接影响到贵由汗登基，他本应该继承窝阔台汗位，但脱烈哥那违背了窝阔台生前的意愿，决定立自己的儿子贵由为新汗。
1246年7月，在拔都和宗亲们未到之前，脱烈哥那与他的支持者们就推举贵由为新汗。但是，由于贵由自幼多病且难以处理国家大事，所以实际上的权力掌握在右丞相镇海、断事官哈达手中。在脱烈哥那与法提玛的密谋下，镇海逃奔到阔端斡尔朵幸免于难。而为了巩固自己的地位，贵由处决了法提玛，并重新任命镇海为右丞相，同时也杀死了奥都剌合蛮，将财赋管理交给牙老瓦赤。
为了确保法律的一致性，贵由下令收回散发出去的牌符，不许诸王擅自颁布敕令，还规定不得对窝阔台制定的法律进行改动或损益。此外，他将统治突厥地区及河中的权力交给马思忽惕，让额勒只统治鲁木及格鲁吉亚，把绰儿马罕所属军卒归还给额勒只，每10户抽2人充当把阿图儿军从征，又将波斯及阿塞拜疆的统治权交予阿儿浑。
察合台长子木图干在战争中阵亡，其子哈剌斡忽剌被指定继承其位置。当察合台去世后，其嫡孙也速-蒙哥想要成为新汗，但哈剌斡忽剌拒绝让他参与朝政。因此，当贵由去世时，他决定派也速-蒙哥前往察合台汗国君临。在1248年迁移途中的病逝前夕，即仅执政三年时间内，也确保了他的家族传承线索继续延续下去。
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