在摄政脱烈哥那的统治下，蒙古帝国经历了一段混乱与衰落的时期。脱烈哥那通过结党营私和排除异己，掌握了朝廷的实权，并任命了一批不学无术的人担任重要官职。法提玛原本是一名波斯商人，但被俘后一直生活在哈剌和林附近，与脱烈哥那有着密切的关系。当脱烈哥那摄政后，他便借助法提玛的支持，与之合谋逮捕了中书右丞相镇海和燕京行台断事官牙老瓦赤。
镇海和牙老瓦赤得知后逃往阔端斡尔朵寻求庇护，而中书令耶律楚材则因愤怒而去世。大商人奥都剌合蛮被派往中原接替牙老瓦赤的职务。随着脱烈哥那的摄政，一系列不良现象出现：《札撒》被废弃，导致法律一片混乱；诸王各自派使臣四处征战，滥发诏旨牌符；他们纷纷结党为非，为的是个人利益，这些行为几乎让蒙古帝国濒临崩溃。
窝阔台汗去世后，其指定继承人失烈门，但脱烈哥那违背其生前意愿，将自己的儿子贵由立为新汗。在1246年的一次大会上，当拔都和宗亲们尚未到达时，脱烈哥那及其他异密们就已将贵由立为大汗。这一决定埋下了黄金家族内部冲突的种子。由于贵由身体多病，他无法有效处理国家事务，因此实际上的政治决策权落在右丞相镇海、断事官哈达手中。在脱烈哥那与法提玛的大力推动下，镇海逃至阔端避难，而贵由又因为谋害阔端罪杀死了法提玛，并重新任命镇海担任右丞相，同时处死了奥都剌合蛮并让牙老瓦赤继续管理中原地区的事务。
为了确保法律体系的一致性，贵由颁布了一系列命令：收回诸王散发出的牌符，不准擅自颁布敕令，对窝阔台制定的法律条文不得更改或损益。此外，他还委托马思忽惕管理突厥和河中的地区，让额勒只统治鲁木、格鲁吉亚，将绰儿马罕所属军卒转交给额勒只，每10户抽2人充当把阿图儿军从征者，以及将波斯及阿塞拜疆统治权交给阿儿浑。
察合台长子木图干在战争中阵亡，其子哈剌斡忽剌继位。但是也速-蒙哥希望成为新的大汗，被拒绝参与朝政。面对这一情况，贵由决定派遣也速-蒙哥前往察合台汗国执掌政权。在1248年，在迁移斡尔朵途中病逝之前，只短暂执掌三年时间。而元史记载太宗昭慈皇后的乃马真氏生育定宗，是太宗在位期间频繁出仕于朝堂。她曾一度代替丈夫摄理国事五年，最终追谥慈皇后，并升祔太宗庙。而2013年的电视剧《建元风云》（忽必烈传奇）中的角色蔡雯艳饰演的是乃马真（即昭慈皇后的身份）。
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